本院現為一擁有一千多位同工，從外國宣教士一路耕耘以來，到現在已經達到五百多床的區域教學醫院。醫療科別共計23大科。 本院針對花東民眾的需要，陸續引入國內外先進醫護觀念及方法，設置核磁共震掃描儀、電腦斷層掃描儀、電子影像內視鏡、高層次婦產科超音波掃描儀、玻璃體暨視網膜手術系統、心臟科彩色超音波等設備。 針對偏鄉貧病，於2009年起開設社服貧病基金，給予醫療與生活費用的支持，真正做到幫助在最弱小弟兄身上的使命。 近年有鑑於花東醫護人員缺乏，於2016年起攜手國內護專醫校，成立東部醫護人員培育基金，獎勵有志於花東偏鄉服務的青年學子休習護理、醫技等專業所需之學雜費，畢業後返回門諾醫院一同照護偏鄉病患。