成立契機源於一起醫療疏失，讓病家經歷喪子之痛，讓長期關心台灣醫療政策的張苙雲老師(創會董事長)便起心動念，思考是否有一個機制，將醫病雙方的委屈化為一個正面督促的力量，即開始邀集一群關心台灣醫療環境與政策相關的學者與社會賢達，於2001年發起成立台灣醫療改革基金會，展開醫改之路。為了倡議的中立性，本會不接政府補助計畫，也不接受醫療相關產業的捐款。成立之初即設立醫療爭議諮詢電話服務專線、受理民眾陳情郵件，適時提供民眾資訊協助，給予關懷支持與轉介。本會以溫和而堅定、專業而剛強的態度，從許多病人面對醫療糾紛的無助痛苦中，抽絲剝繭診斷出系統性的原因，尋找制度深處的病原，成為持續倡議改革的重要議題庫。